Με τη συμμετοχή 16 ομάδων θα διεξαχθεί η δεύτερη φάση στο Παγκύπριο Πρωτάθλημα Παίδων Κ-16 αγωνιστικής περιόδου 2023 - 2024.

Μετά την ολοκλήρωση της πρώτης φάσης σε δεκαπέντε αγωνιστικές, οι 16 ομάδες συνεχίζουν στη δεύτερη φάση σε επτά επιπρόσθετες αγωνιστικές.

Στον πρώτο όμιλο θα αγωνιστούν οι ομάδες που τερμάτισαν στις θέσεις 1-8 της πρώτης φάσης και στο δεύτερο όμιλο οι ομάδες που τερμάτισαν στις θέσεις 9-16 και θα αρχίζουν την προσπάθεια τους από μηδενική βάση.

Η κλήρωση της πρεμιέρας για την πρεμιέρα της δεύτερης φάσης:

Α' ΟΜΙΛΟΣ
Δικέφαλος Γερίου - ΠΑΟΚ Κακοπετριάς
ΠΑΟΚ Κοκκινοτριμιθιάς - Ομόνοια Αραδίππου
ΑΕΛ - ΑΣΙΛ Λύσης
Freedom24 ΕΝΥ Διγενής Ύψωνα - Άτλας Αγλαντζιάς

Β' ΟΜΙΛΟΣ
ΑΣ Κισσός Κισσόνεργας - Κούρης Ερήμης
ΠΟ Άδωνης Ιδαλίου - Πέγεια
Ερμής Αραδίππου - Εθνικός Δευτεράς 
ΑΟΛ Ομόνοια Λακατάμιας - Σπάρτακος Κιτίου